60-е годы значительно расширили также наши познания о географии морских грибов.
Проведены исследования в северной и арктической Атлантике, в прибрежных почвах Англии начато изучение Индийского океана как прибрежных почв, так и экспедиционное исследование шельфовых и абиссальных зон западного побережья Индии, в тропической Атлантике у берегов Бразилии и у тихоокеанского побережья США и Канады. Появляются первые сообщения о микофлоре островов и прибрежных вод Океании о грибах прибрежных вод Антарктиды и Австралии.
По-прежнему продолжает волновать морских микологов вопрос о так называемом эстуарном феномене, т. е. о встречаемости морских форм в районах с солоноватой водой и адаптации пресноводных грибов к солености. Изучение эстуариев проведено Сипманном, Кирком; Те Стрейк и Улькен.
В 1962 г. Борут и Джонсон опубликовал работу о грибах в эстуарных осах грибов.
Годом позже вышла в свет работа Рота с соавторами о грибном населении водной толщи западного района субтропической Атлантики. Это первая работа о пелагиальных грибах указанного района.
Авторам удалось выделить грибы из 81% проб, начиная с поверхности воды вплоть до глубины 4450 м, включая зону термоклина, придонную зону, а также места скопления планктона. Выделенные грибы принадлежали к Fungi imperfecti.
В 1966 г. появилось первое сообщение о морских грибах из пены с океанического побережья и эстуария (США, атлантическое побережье).
Вышло в свет несколько работ о морских грибах Средиземного моря и песчаных грибах этого же района.
Дальнейшее развитие получили в 60-х годах исследовании грибов с погруженной в море древесины. Мейрсом с сотрудниками были опубликованы две серии статей по древообитающим грибам побережья США: первая посвящена описанию условий, определяющих возможность наличия грибов на древесине, погруженной в морскую воду, и описанию новых таксонов: вторая серия представлена статьями по физиологии и целлюлозолитической активности этих грибов. Большая работа была проделана Колмейером по изучению грибов, обитающих на погруженной в море древесине в районах тихоокеанского и атлантического побережий США, на островах тропической части Тихого океана и в районе Средиземного моря.
Сведения о сумчатых и несовершенных грибах древесины Колмейер обобщил в атласе, вышедшем в 1964 г. в ФРГ.
В Англии с группой грибов, обитающей на погруженной в море древесине, работал Джонес. Им выпущен цикл работ по грибам с погруженной и дрейфующей древесины и стеблей Spartina из различных портов Англии, приводится описание новых видов и видов, впервые отмеченных для Англии. Анастасиу описал новый вид обычного пресноводного гифомицета Clavariopsis, выделенный из древесины, погруженной в соленую воду. Появились работы в Японии о морских деревообитающих грибах.
Джонсон и Хьюг описали гриб Robillarda phragmitis с погруженной древесины из эстуарных вод. Этот гриб ранее был известен на стеблях Phragmites только в пресной воде.
Первое за всю историю морской микологии сообщение о нахождении базидиального гриба Digitatispora marina в морских условиях обитания сделал Догэ. Позднее он уточнил принадлежность к базидиомицетам гриба Nia vibrissa, описанного ранее как несовершенный.
Появляются исследования, посвященные методам выделения, культивирования и дальнейшего изучения морских грибов. О работе с грибами на погруженной древесине пишут Сипманн и Джонсон; метод центрифугирования больших количеств воды для повышения вероятности обнаружения в ней грибных спор описан Фуллером и Пойтоном; методы выделения в чистую культуру, сохранения и изучения морских низших грибов опубликовали Слифкин (1962) и Фуллер с соавторами. Гертнер сообщил результаты изучения тонкой структуры некоторых видов низших грибов. Колмейер предложил метод тонкого микроскопирования в разных полях зрения для изучения строения аскоспор Corollospora.
Работа Гертнера построена главным образом на литературном материале и посвящена вопросам распространения и физиологии низших морских грибов. В статье приведена сводная таблица-перечень всех известных к тому времени морских низших грибов с указанием образа жизни, субстрата или хозяина н автора, его описавшего.
Весьма ценным в статье является предложенный автором метод определения плотности грибов в морской воде. Расчеты и выведенная из них формула числа грибных зародышей в одном литре морской воды получены на собственном материале автора. Формала не универсальна — она применима только для низших грибов, поддающихся выделению методом приманок, т. е. для сапротрофных форм. Если учесть, что вопрос о количественной оценке морских грибов до сих пор остается открытым, то в этом плане метод Гертнера является шагом вперед на пути создания универсального метода подсчета грибных зародышей в морских областях
Несколько раньше Гертнер описал метод выделения низших грибов с использованием приманок.
Помимо указанных выше сапротрофных форм, в это десятилетие описаны новые виды паразитных грибов.
В 1962 г. было сделано сообщение о поражении грибом планктонных диатомовых из прибрежных вод тихоокеанского побережья Канады. Подробного описания гриба не дано, и предварительно гриб отнесен к Lagenidiales. Четыре года спустя в том же районе и на тех же водорослях Джонсон дал подробную картину развития грибного паразита, где половая стадия не была обнаружена. Аналогичное грибное поражение водорослей отметил Дребес для района Северного моря. Позднее он установил точное таксономическое положение гриба-паразита — Lagenisma coscinodiscus. Вопросом культивирования и получения чистой культуры этого гриба занимался Хакраварти.
На другой диатомовой водоросли — Licmophora — Джонсон обнаружил грибное заболевание, вызываемое Ectrogella perforans. и в том же году автор привел результаты изучения эстуарного распространения грибных паразитов планктонных водорослей из рода Synedra.
Вильсон и Кнойль сообщили о грибах с бурых водорослей прибрежных вод Великобритании — два из них ранее описаны Сасерлендом и один в новой комбинации.
Алим опубликовал результаты изучения водорослей сублиторали Белого моря (СССР) и привел перечень и краткие описания паразитарных низших грибов, ранее зарегистрированных для других районов.
Грибное поражение бурых водорослей в Советских прибрежных водах (Баренцево море) описано Мельником и Петровым. В водах южной Австралии также на водоросли обнаружен паразит из высших грибов. В соленых болотах эстуария на Атлантическом побережье США наряду с видами сумчатых были выделены и низшие грибы.
Фуллер с соавторами привели описание грибного заболевания водоросли Porphyra с обоих побережий США. Впервые сообщил о поражении этой водоросли Арасаки, и до последнего времени этот гриб был известен только для Японии.
Продолжая серию статей «Thalassiomycetes» Мейерс с сотрудниками опубликовал сведения о двух новых видах грибов на морских травах Thalassia и Zoslera. На другом морском цветковом, Spartina, Джонес обнаружил новый вид.