Морская микология — наука довольно молодая и поэтому пока имеет мало собственных, только ей присущих методических приемов. Большей частью приходится довольствоваться методами и аппаратурой, применяемыми в смежных областях.
Своеобразие морской микологии заключается в том, что в основе своей основе лежит необходимость работы только с живым материалом, обеспечение условий стерильности, быстрота обработки проб и т. п. С другой стороны, среда, в которой обитают изучаемые организмы, пока еще недостаточно изучена, занимает очень большие пространства и трудно доступна для исследования, особенно в глубоководной части, а для высоких широт и на мелководье — в зимнее время.
Одним из основных объектов изучения должны быть вода и грунты, так как они присущи всем зонам океана и именно они поставляют наиболее массовые формы сапротрофных грибов, которые дают нам представление