На эпоху Мин приходится пик развития боевого искусства монастыря. Монастырь посещает генерал Юй Даю и вносит свой вклад в технику владения шестом. Мастера Хуэй Мэн и Хун Хуэй вводят дыхательные упражнения (цигун) и метод использования энергии дыхания (юнци), что значительно повышает эффективность защитных и атакующих действий, способствует восстановлению сил организма. Шаолиньское кулачное искусство, проникая в сопредельные страны, дает начало национальным видам боя: во Вьетнаме — вьеводао, в Корее — квонпоп и хапкндо, на Окинаве — окинавата.
В правление императора Хунси влияние Шаолиня на политику двора снижается, Чжан Во казнят. Но в правление императора Ванли (1572—1620) Шаолинь снова заявляет о себе благодаря деятельности двух его питомцев: Чэн Чундоу (1522—1587) и Цн Цзигуана (1512—1587). Первый славился искусством владения алебардой и посохом, второй был не превзойден в фехтовании на мечах. Странствуя по Поднебесной, они вызывали на поединок наставников различных школ и неизменно побеждали. Чэн Чундоу отличался высоким ростом и большой физической силой. Ци Цзигуан был худощав, но очень ловок и вынослив.
В 1575 г. Ци Цзигуан, возглавляя императорскую армию, с отрядом шаолиньских монахов разгромил мятежников в северных провинциях Китая и нанес поражение маньчжурам. А позже руководил борьбой с японскими пиратами у южного побережья.
